有人对上述学部组织系统，作过这样的评论：“一曰重形式不重事业也。按学部之组织，尚书及左右侍郎俱为政务之官，管部则另设左右丞，较之现在之教育部，部长、次长各一人掌部务，则已多二员……学务极简，徒欲支撑门面，虚设官位，对于行政实不经济。一曰设教育研究所之可嘉也。从事教育行政者，因官样文章之纷扰，势必远离学术，学部中特设研究所，以促部员之进修，此非但自古之所未有，抑亦有胜于今日也。一曰职业教育之列入行政系统。我国兴学动机，本在御侮图强，故所设学堂，多之实用，职业教育之呼声，于时颇盛，故学部列有实业教育一司。虽为仿自东瀛，亦适应当时之需要也”。[26]这一评价是比较中肯的。
学部是中央教育管理机构，至于地方则有学务公所与劝学所。学部成立后，于1906年4月奏请各省“裁撤学政”，“改设提学司”，建学务公所，并拟就各省学务详细官制及办事权限章程，这标志着近代省级教育行政机构正式形成。
此外，学部还奏定《劝学所章程》，设劝学所为各厅、州、县之地方教育行政机关，归地方官监督。其任务是：“按定区域，劝办小学，以期逐渐推广普及教育”[27]。
