虽然决裂看来不可避免，但与弗洛伊德的交恶还是给了荣格很深的打击。在此后的六年里（1913—1919），他几乎与世隔绝，开始隐身静修，集中精力体验和理解自己的梦和幻想。直到1921年《心理类型学》一书的出版，才宣告这场精神危机的结束。之后荣格开始了长达十多年的多文化游历和考察。他去到世界各地，前往多个国家的原始部落进行比较研究。值得一提的是，荣格对亚洲东方文化也有深入研究，中国的禅宗、道家、易经等都为其集体潜意识学说提供了理论基础。
1944年后荣格隐居在出生地的一个湖畔，静静地探索人类心理的奥秘。一些传记学者提到，荣格在这段隐居生活里，沉浸于自己的梦和幻想当中，不断地作自省式的分析，对自我潜意识有很深的探讨，直至1961年6月6日逝世，享年86岁。
荣格其人与他描绘的人格理论一样令人费解，有人说他是一个神秘莫测、难以捉摸的人，也有人说他根本就患有精神病。与弗洛伊德分开之后，他一直力图发展一套自己的理论和方法来研究人类的心理问题。为此他广泛研究了古代的占星术、炼金术、中国和印度的宗教、印第安人的风俗和非洲土著的宗教仪式等，努力从中找寻规律，发掘经验和灵感。由于他博学多闻，理论纵贯古今东西方的思想和文化，因而他的著作常常显得有几分神秘色彩，富有象征性，甚至通篇是艰深晦涩的描述，很难理解。因此也有人认为他行走于宗教和心理之间。为了与弗洛伊德的精神分析以及阿德勒的个体心理学相区别，荣格称自己的心理学为分析心理学（Analytical Psychology）。